Từ năm 2006 thực hiện chế độ Chính ủy, Chính trị viên trong Quân đội.[4] Tổ chức Đảng bộ trong Tổng cục CNQP theo phân cấp như sau:

• Đảng bộ Tổng cục Công nghiệp Quốc phòng là cao nhất.
• Đảng bộ Bộ Tham mưu, Cục Chính trị, Cục Hậu cần, Cục Kỹ thuật, Cục Quản lý Công nghệ, các Viện nghiên cứu, Tổng Công ty (tương đương cấp Sư đoàn)
• Đảng bộ các đơn vị cơ sở trực thuộc các Cục, Tổng công ty (tương đương cấp Lữ đoàn và Trung đoàn)
• Chi bộ các cơ quan đơn vị trực thuộc các đơn vị cơ sở (tương đương cấp Đại đội